Organisasi PEPI, terdiri atas :
a. Direktur dan Wakil Direktur;
b. Senat;
c. Dewan Penyantun;
d. Satuan Pengawas Internal;
e. Unit Penjaminan Mutu;
f. Subbagian Umum;
g. Ketua Tim Kerja Administrasi Akademik dan Kerjasama;
h. Ketua Tim Kerja Kemahasiswaan dan Alumni;
i. Program Studi;
j. Unit Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat;
k. Unit Penunjang Akademik; dan
l. Kelompok Jabatan fungsional.

Statuta Politeknik Enjiniring Pertanian Indonesia Nomor 37 Tahun 2019